فعالیت این خیریه از سال 1364 بصورت ارائه خدمات محدود به خانواده ای بی سرپرست از طرف جمعی از نظامیان شروع شد و با راهنمائی مرحوم آقای محمد میرفارسی، ضمن آشنائی با حضرت آیت اله حاج آقا جواد علم الهدی، این تلاش ها در بخشی از ساختمان مجمع خدمات فکری اسلامی واقع در میدان خراسان در کوچه زیبا متمرکز شد و مدتی نیز در منزل مرحوم علیزاده در همان کوچه ادامه یافت.

>> در سال 1368 در زاد روز حضرت فاطمه زهرا سلام اله علیها کلنگ بازسازی منزل مرحوم علیزاده به عنوان محل استقرار خیریه زده شد و اسم مبارک بانوی دو عالم زینت بخش نام خیریه گردید.

>> در اواخر دهه 60 با پیوستن جمعی از مهندسین متدین و بانوان دلسوز به خیریه، طبقه ای از ساختمان مسکونی زنده یاد ابوالحسن مقدس زاده توسط آقای مهندس محسن مقدس زاده در میدان نیاوران جهت ایجاد دفتری به خیریه واگذار شد خیریه با به ثمر رسیدن تلاش پیگیر برای رسمیت دادن به فعالیت ها و ثبت خیریه مرحله جدیدی از فعالیت های خیریه شکل گرفت.

>> در آن مقطع مرحوم حضرت آیت اله حسن احقاقی و خانواده ایشان به مددکاران خیریه پیوسته و دوران دیگری از شکوفائی کار خیریه آغاز شد، به ویژه خرید مسکن برای خانواده های تحت پوشش از این زمان تحقق یافت (ایشان به تنهائی 130 باب خانه برای ایتام تحت پوشش خریداری و واگذار فرمودند).

>> در سال 1373 سرانجام اساسنامه موسسه پس از سیر مراحل تصویب با نام “موسسه خیریه حضرت فاطمه زهرا سلام اله علیها “به هیات امناء ابلاغ شد. از این تاریخ همه ساله با نظارت نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران وناظر وزارت امور اقتصاد و دارائی، عملیات مالی خیریه مورد بازرسی قانونی قرار گرفته و بیلان کار در اختیار افکار عمومی گذاشته شده، و در هر زمان بازدید و ارزیابی از عملکرد خیریه برای همگان امکان پذیر می باشد.

>> دراوایل کار، کلیه خانواده های تحت پوشش، از مرکز پذیرش و ارائه خدمات واقع در حوالی میدان قیام پشتیبانی می شدند ولی بعدها بعلت ازدیاد تعداد آنها و دوری محل زندگیشان از مرکز مذکور، موسسه اقدام به تاسیس مراکز خدمات رسانی در رباط کریم و قرچک ورامین و شهریار نمود که بتوانند به خانواده های ساکن این مناطق از نزدیک سرویس بدهد.

>> در سال 1386 ستاد توانمندسازی نیازمندان مناطق محروم کشور، ماموریت کمک به ایتام استان سیستان و بلوچستان را به این خیریه واگذار نمود تا دوش بدوش کمیته امداد حضرت امام خمینی (ره) و سازمان بهزیستی کشور، پشتیبانی از خانواده های ایتام استان مذکور بوسیله موسسه خیریه حضرت فاطمه زهرا (س) کامل گردد.

>> در سال 1392 وزارت کشور اقدام به صدور مجوز ملی به موسسات خیریه حائز شرایط نمود و اولین مجوز در سطح ملی را با توجه به عملکرد خیریه در استان سیستان و بلوچستان، بنام این موسسه صادر کرد و خیریه بلافاصله اقدام به تاسیس شعبات خود در آذربایجان شرقی (برای کمک مستقیم به ایتام زلزله زده ارسباران) و استان البرز برای پشتیبانی از خانواده های ایتام این استان نمود.

>> لازم به یادآوری است که خیرین ایرانی و غیر ایرانی ساکن در خارج از کشور با توجه به نحوه پشتیبانی این موسسه از ایتام تحت پوشش  که آنان را تا مقاطع تحصیلی بالا یاری می دهند، با اهدای کمک های مالی خیریه را یاری می نمایند.